Вроде бы автор загрузчика писал, что в случае завала все равно потребуется разбирать ЭБУ и работать программатором. Так что, если нет поблизости Toyota - Lexus ECU Flasher, даже наличие стока не спасет. Хотя, как я понял, работы в этом направлении ведутся.
А не рассматривался вариант создания такого ПО, где система EGR работает только во время прогрева двигателя и по достижению рабочей температуры (или начала движения) отключается?