Flex будет функциональнее за счет JTAG, NBD, BDM, AUD и поддержки АКПП и разных сервисов доступных через ЛК, но FLEX еще не полностью заменил собой MagPro, он дороже в полной комплектации а также имеет годовую подписку на обновления. Autotuner очень хорошо развивается и не имеет никаких подписок, но в нем никогда не будет JTAG/BDM/AUD/NBD. По коробкам тоже догнать будет сложно.
У каждого прибора есть свои достоинства и недостатки. Если вы ориентируетесь на работу с современными авто и вас не интересует ремонт и клонирование блоков, если у вас маленький город и подписка может не окупить себя, берите Autotuner, это достойный выбор! Если задач больше и объем работы позволяет платить за подписку, Flex будет перспективнее.